La Liga del Sur de Bahía Blanca, homenajea y distinguió al crack choelense poniéndole el nombre de “Mario Cota Álvarez” a su Torneo Promocional.
Con destacadas participaciones en Olimpo y Bella Vista, los riocoloradenses recuerdan su paso por Villa Mitre e Independiente.En el club de la Loma jugó entre 1992 y 1993 y retornó en 2006, cuando el albiverde logró el ascenso al Federal B.
En las filas aurinegras, el centrodelantero estuvo entre 1994 y 1997, regresó en la temporada 2000-2001 y luego en 2004-2005.
En el país, Álvarez también vistió las camisetas de Cipolletti, Atlético Tucumán (donde fue ídolo), Independiente de Mendoza, Independiente de Neuquén y Nuñorco de Tucumán.
En el exterior, descolló en Pumas de la UNAM (México) y Deportivo Quito (Ecuador). También jugó en Barcelona de Guayaquil (Ecuador).